故事发生在一座将超能力视為「一般科学」的反超自然学园都市。高中生上□当麻的房间裡，突然出现了一位从天而降的白衣修女。她自称為「禁书目錄」，是从魔法世界逃出来的，但是上□却因為她，而就此一头栽进了超自然...

故事发生在一座将超能力视為「一般科学」的反超自然学园都市。高中生上□当麻的房间裡，突然出现了一位从天而降的白衣修女。她自称為「禁书目錄」，是从魔法世界逃出来的，但是上□却因為她，而就此一头栽进了超自然现象的世界……在「三泽塾」裡有一名巫女遭到了囚禁。主谋者看来是会使用魔法的人物。上□当麻在听了魔法师史提尔的说明后，却很乾脆的点头应允。但史提尔原本的来意，竟然正是為了要上□与他同行。于是，两人走向了一座在夏日艳阳中矗立的诡异大楼。魔法师、吸血鬼杀手、禁书目錄，以及上□当麻。当所有支线交会之际，故事就此开始……某个夏日黄昏，在补习回来的路上，投铜板买果汁却被自动贩卖机吃钱的上□当麻又开始感慨自己的不幸，但这时他却被「放电国中妹」御(土反)美琴给叫住。然而更让上□惊讶的是，美琴居然还有一个长相一模一样的妹妹！这三个人的相遇，却也揭开了一件由超能力者所引发的杀戮惨剧事件序幕……御(土反)美琴的「妹妹们」原来只是為了让等级5超能力者「一方通行」进化為等级6而製造出来的複製人。面对此等惨无人道的实验及大量杀戮，上条当麻决定以「最弱」的右手，挑战学园都市「最强」的超能力者。究竟，这场战斗的结果会如何